一款新的移动应用程序可以在不到半小时的时间内分析智能手机上的SARS-CoV-2病毒基因组。

 

尖端的纳米孔设备使科学家能够在实验室之外读取生物样本中的遗传物质或对其进行“排序”，然而， 杏耀平台注册优惠 ，直到现在，分析原始数据仍然需要高端的计算能力。

 

由Garvan医学研究所与斯里兰卡的Peradeniya大学合作开发的应用Genopo使基因组学更容易被偏远或资源不足的地区以及医院床边获得。

 

“不是每个人都能接触到DNA和RNA分析所需的高功率计算资源，但大多数人都能接触到智能手机，”加尔万金霍恩临床基因组中心基因组技术小组负责人、共同资深作者艾拉·戴维森博士说。

 

作为追踪冠状病毒传播的核心方法，快速、实时的基因组分析如今比以往任何时候都更加重要。我们的应用程序让基因组分析更容易实现，把这项技术实实在在地放进了世界各地科学家的口袋里。”

 

在一个u盘大小，便携式设备，如牛津纳米孔技术的MinION测序仪，可以快速产生基因组序列的样本在现场或诊所。该技术已被用于西非的埃博拉监测、北极地区的微生物群落概况以及确定当前疫情期间冠状病毒的演变。

 

然而，杏耀代理开号分析基因组测序数据需要强大的计算能力。科学家需要从原始数据中提取出大量的基因序列，并确定基因变异的实例，从而揭示病毒是如何进化的。

 

到目前为止，基因组分析还需要高端服务器计算机或云服务的处理能力。我们打算改变这种情况，”加万研究所基因组计算系统工程师哈辛度·加玛拉奇解释说。

 

“为了实现原位基因组测序和分析，在没有大型实验室基础设施的情况下，我们开发了一个应用程序，可以在下载到智能手机的纳米孔测序数据集上执行生物信息学工作流程。”由第一作者Hiruna Samarakoon带头的再造过程，需要克服智能手机中各种资源限制带来的技术挑战。应用Genopo将许多可用的生物信息学工具整合到一个单一的Android应用程序中，‘小型化’的工作在消费Android设备的处理能力上。”

 

冠状病毒测试

 

研究人员对Genopo从9名感染SARS-CoV-2的悉尼患者身上分离出来的病毒样本的原始测序数据进行了测试，包括从拭子样本中提取并扩增病毒RNA，用MinION设备对扩增后的DNA进行测序，并在智能手机上分析数据。研究人员在不同的安卓设备上测试了他们的应用程序，包括来自诺基亚、华为、LG和索尼的机型。

 

Genopo应用程序从原始数据中确定完整的SARS-CoV-2基因组序列平均需要27分钟，研究人员说，这开启了在护理点进行实时基因组分析的可能性。研究人员还表明，Genopo可用于描绘人类基因组样本中的DNA甲基化——一种改变基因活性的修饰。

 

Deveson博士说:“这说明了一种灵活、高效的结构，杏耀拿代理它适用于运行许多流行的生物信息学工具，并适用于小型或大型基因组。”“我们希望这将使研究人员更容易获得基因组学，以解开DNA或RNA的信息，以造福人类健康，包括目前的大流行。”

 

Genopo是一个免费的、开源的应用程序，可以通过谷歌游戏商店获得。